戦国時代、伊賀崎家を初めとする忍者たちは恐怖による天下統一を目論む史上最悪の武将・牙鬼幻月を打ち倒した。しかし、幻月は444年後に蘇るという予言を残して息絶える。444年後、予言通り妖怪に転生した幻月。しかし伊賀崎家最強の忍者・伊賀崎好天は幻月との戦いの末に48枚もの封印の手裏剣で祠に封じ、後に「ラストニンジャ」と呼ばれる伝説の存在となった。

2015年。好天の孫である伊賀崎天晴は4年ぶりに放浪の旅から伊賀崎忍術道場に帰ってきたが、突如その道場に謎の怪人たちが出現。天晴はすぐさまアカニンジャーに変身し、その怪人たちを撃破する。そこには父の伊賀崎旋風に妹の伊賀崎風花といとこの加藤・クラウド・八雲、松尾凪、百地霞も集まっていた。旋風は5人に幻月が言う444年後とは実は今年ではないかと告げ、幻月が封じられた祠を見せる。だが、それと同時に祠の封印が十六夜九衛門によって解かれ、妖怪たちが幻月の復活を目指して、人々を襲い始める。天晴たちは旋風から忍者一番刀を託され、手裏剣忍法の使い手・ニンニンジャーに変化し、手裏剣戦隊として妖怪退治に挑む。(Wikipediaより)