本作からはゲームで言うと「ポケットモンスタールビー・サファイア」に該当する。このゲームは2002年11月に発売されたシリーズ第三作であり、新携帯ゲーム機である「ゲームボーイアドバンス」向けとして提供された。また、従来と異なりルビーとサファイアでストーリーに若干の差がつけられている。

ゲーム機本体の進化によりグラフィック面で格段の向上が図られているほか、ダブルバトルをはじめとする新システムが多く導入されたり、通信がワイヤレスになったり、据え置き機であるゲームキューブとのデータ交換によってポケモンを入手したりと、遊び方の幅が広がった。

登場するポケモンでいえば、金・銀までの世界とは離れた場所での物語という設定のため、旧来のポケモンが最初はあまり登場せず、図鑑の番号も一新されている（ホウエンずかんと呼ばれる）。その後、リメイク作品であるファィアレッド・リーフグリーンと通信することにより、この図鑑が「ぜんこくずかん」となり、旧来のポケモンをそろえることが出来るという仕組みになっている。これらのマイナーチェンジ版として2004年には「ポケットモンスターエメラルド」が発売されている。

一方、アニメではタイトルが「ポケットモンスター アドバンスジェネレーション」と変更された。前作までと世界観は同一ながら、サトシがピカチュウを除くすべてのポケモンを故郷に預け、ポケモンゲットを再スタートさせたり、新ヒロインのみならずその弟を登場させ、タケシを加えた4人で旅を続けるなど、新シリーズとしての特色を強く打ち出している。