本作からはゲームで言うと「ポケットモンスター金・銀」に該当する。このゲームは1999年11月に発売されたシリーズ第二作であるが、ゲームに先駆けてアニメで新ポケモンが登場していた。

他にもマイナーチェンジ版として「ポケットモンスター　クリスタル」がある。本ゲームの特徴としてはポケモンに性別が設けられた、時間の概念が導入されたなどがあげられる。これによりポケモンのタマゴなるものが登場した。さらにハードとしてゲームボーイカラーが登場したことにより「色違いポケモン」も登場するようになった。

アニメはタイトルを変更することなく継続している