本作からはゲームで言うと「ポケットモンスターダイヤモンド・パール」に該当する。このゲームは2006年9月に発売されたシリーズ第四作であり、二画面構成とタッチペンによる操作が特徴的な携帯ゲーム機「Nintendo DS」用ソフトして提供された。ゲームシステムとしてはアドバンス時代のものを受け継いでいるが、「Nintendo DS」の持つWiFi通信機能を生かしたポケモン交換や、イベント会場や映画公開時のポケモンプレゼントなど、新しい機能も盛りだくさんである。ゲームの舞台はシンオウ地方で、まず151体のポケモンが登場する。このポケモンをすべて図鑑に登録すると、図鑑が「ぜんこく図鑑」にバージョンアップされ、さらに多くのポケモン（いままでに登場したすべて）が登場する。ただ、入手するためにはアドバンス時代のゲームとのダブルスロットを使用した通信や、ダイヤモンド・パール間での通信、WiFiによる他プレーヤーとの通信が必要である。マイナーチェンジ版として2008年には「ポケットモンスタープラチナ」が発売されているが、新しい冒険の舞台が設定されるなど単なるマイナーチェンジにとどまらない内容となっている。

アニメではタイトルが「ポケットモンスター ダイヤモンド＆パール」と変更され、新ヒロインとしてヒカリが登場した。彼女はサトシと違ってポケモンコンテストの制覇を目指すために旅を続けていて、アニメ全般やCM前後のアイキャッチを見ても彼女が主人公のように描かれている。