劇場版は1988年に始まり、以降欠かさずに毎年製作されている。当初は伝説ポケモンを主役に据え、TVでは扱いにくいスケールの大きな話を展開していたが、2001年以降からそこにTVはおろかゲームにも登場していない新ポケモンが登場するという要素が加わり、ますます人気が高まっている。

【「アルセウス　超克の時空へ」作品概要】（公式サイトより）

『ディアルガVSパルキアVSダークライ』から続く「神々の戦い」三部作の最終章。

豊かな自然に囲まれた美しい町の伝説…

大昔、すべてを生み出したといわれる幻のポケモン・アルセウスが、自らの体から１６個ある命の源のうち「水」「草」「地面」「いかずち」「ドラゴン」の力を取り出して作った《命の宝玉》を人間に貸し与えた。

その力によって、荒廃していたミチーナは緑豊かな土地になったが、人間はアルセウスに《命の宝玉》を返す約束を破り、攻撃を仕掛けた。裏切られたアルセウスは激しい怒りを抱えたまま、永い眠りにつく。

「次に目覚めるときは人間に裁きを下す。」

そしてついにアルセウスが再び目覚めるときがきた。ミチーナの神殿のまもりびとであり、ポケモンと心を通わす能力をもちシーナ、それにサトシたち一行はアルセウスの怒りを鎮めるため、古代のミチーナへ時空を超えたたびに出る…。

ミチーナに伝わる言い伝えの真実とは…？すべてを生み出したといわれるポケモン・アルセウスとは…？神と呼ばれしポケモンたちのバトルの目的は…？ポケモン映画史上初のタイムスリップアドベンチャーが今、幕を開ける！