劇場版は1988年に始まり、以降欠かさずに毎年製作されている。当初は伝説ポケモンを主役に据え、TVでは扱いにくいスケールの大きな話を展開していたが、2001年以降からそこにTVはおろかゲームにも登場していない新ポケモンが登場するという要素が加わり、ますます人気が高まっている。

【「ポケモンレンジャーと蒼海の王子マナフィ」作品概要】（Wikipediaより）

盗賊団「ファントムトループ」を率いる悪名高い海賊「ファントム」は、ある日海底で1つのタマゴを手に入れるが、忍び込んでいたポケモンレンジャーの「ジャック・ウォーカー」（ジャッキー）により奪われる。

一方、サトシ一行は旅の途中でポケモンと心を通わすことができるという今では数少ない水の民の一族の末裔、ヒロミとその家族によるマリーナ一座に出会う。たまたま一座と旅を共にすることになったサトシ一行だが、旅の途中ハルカは偶然にも不思議に光るマナフィの卵を発見する。

実はマナフィの卵をファントム一味から守るため、ジャッキーが密かにマナフィと関わり深い水の民の末裔であるマリーナ一座協力の下、ピエロとして隠れながらマナフィの卵を育てていたのである。

ハルカは不思議なポケモンの卵に興味を示すものの、マリーナ一座はこれを隠そうとする。しかしある晩、マナフィの卵の不思議な力により、ハルカはかつて水の民がポケモンとの親交を深めるために建造した海底神殿、「アクーシャ」へと導くことを運命付けられたまだ見ぬマナフィの不思議な夢を見る。

この神殿に不思議な感覚を覚えたハルカはこれをマリーナ一座に話したところ、衝撃の事実を知らされる。ポケモンと心を通わすことのできる水の民が誰でも1度は見るというこの夢にまつわる言い伝えを聞かされたハルカは、自らとマナフィの運命付けられた不思議なつながりに心をときめかせるのだった。