劇場版は1988年に始まり、以降欠かさずに毎年製作されている。当初は伝説ポケモンを主役に据え、TVでは扱いにくいスケールの大きな話を展開していたが、2001年以降からそこにTVはおろかゲームにも登場していない新ポケモンが登場するという要素が加わり、ますます人気が高まっている。

【「劇場版ポケットモンスター 裂空の訪問者 デオキシス」作品概要】（Wikipediaより）

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。

それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。